首先，ETF的管理费率为0.5%，托管费率为0.1%，而一般指数基金的管理费率从0.5%到1.3%不等，平均水平为0.99%，托管费率平均为0.19%。ETF的申购费最高为0.5%，赎回费最高也为0.5%，如果投资者在二级市场交易，交易佣金费率为不超过成交金额的0.3%，不收取印花税；而普通指数基金的申购费为不超过申购金额的1.5%，赎回费率为不超过赎回金额的0.5%。因此，ETF的费率明显低于普通的指数基金。
其次，ETF既可在一级市场申购赎回，也可以在二级市场上自由交易。另外，ETF是T日交易，T+1日资金到账，普通指数基金是T日赎回，资金到账一般为T+5日。
第三，由于采取纯被动的完全复制投资方式，ETF的运作成本低于普通的指数基金，ETF跟踪指数的效果更好，跟踪误差更小。但一般的指数基金可以采取多种对策，对于增强型指数基金来说，这类指数基金通过其增强型设计，创造力求超越标的指数的优势，为投资者获取超额收益，而ETF只能被动跟踪指数。以易方达50指数基金为例，该基金与上证50ETF的标的指数相同，但在组合构建上采取了增强和优化的投资策略，特别是对基金经理看好的行业和个股进行优先配置和增强配置。另外，该基金还可投资预期将要被选入上证50指数的股票，并可适当参与股票一级市场申购(包括新股与增发)，以在不增加额外风险的前提下提高收益水平。
对于普通投资者来说，ETF一般采用二级市场交易的方式，所以ETF定投的方式是自己固定在某一天，按照100份或者其整数倍自己操作购买，而不是像开放式基金那样可以通过在银行存钱就不用自己操作了。