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案例】
宏业商贸股份有限公司地处江西省南昌市，主要从事日用品的生产加工和销售。为扩大生产经营规模，2009年12月，宏业公司通过吸收合并方式合并金利达股份有限公司。金利达股份有限公司地处江西省九江市，其股东为凯悦公司和涌金公司，投资总额为6000万元，其中凯悦公司的投资比例为60%，涌金公司的投资比例为40%。合并基准日金利达公司资产的账面价值为8000万元（假定计税基础与账面价值相等），公允价值为10000万元，负债的账面价值及公允价值均为1000万元。合并双方签订的重组协议约定宏业公司支付对价的形式为向金利达公司的股东凯悦公司和涌金公司定向增发股票，增发股票1000万股，公允价值为8.5元/股，宏业公司同时支付银行存款500万元。
合并业务适用条件的判断
关于本合并案例适用的所得税处理条件，依据《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）的规定，合并业务在同时满足被合并企业股东取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%（含同一控制下且不需要支付对价的企业合并）以及具有合理的商业目的等相关条件时，可以选择按照所得税的特殊性规定进行税务处理。本案例中，由于宏业公司增发股票的公允价值为1000×8.5=8500（万元），凯悦公司被合并资产的公允价值为10000－1000=9000（万元），股权支付占交易总额的比例为8500÷9000＝94.44%，大于85%，假定符合特殊处理的其他条件，则本案例中合并方宏业公司、被合并方金利达公司以及被合并企业股东凯悦公司和涌金公司可以选择按照特殊性规定进行所得税处理。
宏业公司的所得税处理
本案例中，宏业公司支付的对价包括定向增发股票的股权支付形式和支付银行存款的非股权支付形式。根据财税〔2009〕59号文件的规定，由于涉及非股权支付，宏业公司取得的金利达公司合并资产的计税基础应根据金利达公司原有的计税基础调整确定，而不是直接按照原有的计税基础确定。我们可以将宏业公司取得的合并资产分解为两部分，一部分是通过定向增发股票的方式取得的，而另一部分是通过支付银行存款的方式取得的。显然，通过增发股票方式取得的合并资产的计税基础应按照该部分资产原来的计税基础确定。而通过支付银行存款方式取得的合并资产的计税基础应按照公允价值确定。现假设宏业公司通过支付银行存款方式取得的合并资产的原计税基础为X，则有：合并资产的公允价值÷合并资产的原计税基础=支付的银行存款÷X。即10000÷8000＝500÷X，解得X=400（万元），则宏业公司通过增发股票方式取得的合并资产的计税基础＝8000－400=7600（万元），从而确定宏业公司取得金利达公司合并资产的计税基础＝7600+500＝8100（万元）。
金利达公司的所得税处理
根据前面的分析，本案例虽然符合合并业务所得税处理的特殊性规定，但是合并方宏业公司支付的500万元银行存款属于非股权支付形式，根据财税〔2009〕59号文件的规定，金利达公司可暂不确认宏业公司定向增发股票对应的资产的转让所得，但应确认获得的银行存款对应的资产转让所得。金利达公司应确认的资产转让所得＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）＝（10000－8000）×（500÷10000）＝100（万元）。
凯悦公司和涌金公司的所得税处理
如前所述，本案例中宏业公司支付的对价包括增发股票和支付银行存款，依据财税〔2009〕59号文件规定，凯悦公司和涌金公司可暂不确认持有的金利达公司旧股的转让所得，但应确认非股权支付即500万元银行存款对应的旧股转让所得。对于凯悦公司而言，应确认的旧股转让所得=（9000×60%－6000×60%）×[（500×60%）÷（9000×60%）]＝100（万元），暂不确认旧股转让所得=9000×60%－6000×60%－100＝1700（万元）。同理可求得涌金公司应确认旧股转让所得67万元，暂不确认旧股转让所得1133万元。
与此同时，由于宏业公司支付的对价包括500万元银行存款，依据财税〔2009〕59号文件的规定，凯悦公司和涌金公司取得的宏业公司增发新股的计税基础，应根据其持有的金利达公司旧股的原计税基础调整确定。
需要说明的是，财税〔2009〕59号文件并未明确如何进行调整，根据现行税法规定和企业所得税的计税原理，在实际操作中可以通过以下两种方法进行确定：
方法一：以凯悦公司为例，按照财税〔2009〕59号文件规定，该公司应确认500万元银行存款对应的旧股转让所得，根据企业所得税的计税原理，有下面等式成立：凯悦公司取得的新股的计税基础+凯悦公司取得的非股权支付的计税基础＝凯悦公司持有旧股的原计税基础+凯悦公司确认的旧股转让所得，即凯悦公司取得的新股的计税基础＝凯悦公司持有旧股的原计税基础+凯悦公司确认的旧股转让所得－凯悦公司取得的非股权支付的计税基础=6000×60%+100－500×60%＝3400（万元）。同理可求得涌金公司取得的宏业公司增发的新股的计税基础为2267万元。
方法二：同样以凯悦公司为例，我们可以将凯悦公司的旧股看作两部分，一部分用于换取宏业公司增发的新股，另一部分用于转让取得宏业公司支付的银行存款。根据财税〔2009〕59号文件规定，凯悦公司的旧股中用于换取新股的部分可不确认转让所得，也就是说凯悦公司取得的宏业公司增发的新股的计税基础应为此部分旧股的原计税基础。现假设凯悦公司的旧股中用于转让部分的原计税基础为X，则有：凯悦公司持有旧股的公允价值÷旧股的原计税基础＝凯悦公司获得的银行存款÷X，即（9000×60%）÷（6000×60%）＝（500×60%）÷X。解得X=200万元，则凯悦公司取得的宏业公司增发的新股的计税基础＝6000×60%－200＝3400（万元）。同理亦可确定涌金公司取得的宏业公司增发的新股计税基础为2267万元，与方法一的计算结果完全一致。