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农产品市场国际一体化进程中，农业生产的市场风险越来越严重，所以亟需发展农产品期货，分散和转移农业生产的市场风险。经过十几年探索，我国农产品期货市场有了一定发展，
2000年之后，农产品期货交易逐步活跃起来。2003年优质强筋小麦和豆粕两个品种上市交易；2004年棉花、玉米和黄大豆2号3个品种上市交易；2006年白糖和豆油2个品种上市交易；2007年菜籽油和棕榈油两个品种上市，农产品期货的市场结构得到优化，经济功能和风险转移功能得到发挥，提高了农民的市场意识，为农业生产提供了套期保值的工具，优化了农业产业结构和农产品结构，为政府实施宏观调控提供比较有效的价格信号。
当然，我国农产品期货的市场效率还比较低，一些不合理的制度设计，制约了期货市场的发展。对于制度障碍造成的制度性风险，只能通过制度创新来化解。
我国农产品期货各品种的保证金水平基本相同，玉米、黄大豆1号、2号、豆粕、豆油、强筋小麦和棉花的正常月份的初始保证金是5％，白糖和PTA是6％，棕榈油和天然橡胶是7％，各品种的涨跌停板的比率也是统一规定的，缺乏依据，不够灵活；没有推出期货期权品种的交易，使国内投资者缺乏避险工具。
所以，要建立和完善动态的保证金系统，可考虑持仓头寸的差异，按照净持仓收取保证金；对于转移风险者、投资者和套利者，由于他们购买产品的动机不同，面临的风险不同，对他们应收取不同比率的保证金和手续费；对比较成熟的交易品种，实行动态涨跌幅限制，以增强市场流动性；要合理设置农产品期货交割的仓库，提高交易所对交割仓库的管理水平，降低仓单生成的费用，提高整个市场的运作效率；要重视商品期货期权的研究和试点，抑制单边市风险状况的出现，遏制市场操纵行为。
另外，我国目前期货新品上市机制采用的却是非市场化的层层审批制，上市新的期货交易品种要征得各相关部委的同意，决定权在国务院。一个期货新品种上市，首先要经过期货交易所反复研究审核，之后上报中国证监会，证监会做出相应审核后，再上报国务院；国务院则需要征询国家相关部委、现货管理部门以及有关省市意见，综合各方面反馈后，国务院再做出批示。最复杂的时候，上市品种推出要18个部委批准，而且实行一票否决制。这样就增加了上市期货交易品种的难度，所以农产品期货交易品种不多，与发达国家存在很大差距。应该借鉴国际经验，逐步将上市农产品期货品种的机制由审批制过渡到核准制，改变目前多部门参与的品种上市审批制度，这就需要由期货监管部门成立审批权限集中而明确的上市决策机构，建立高效的市场化品种创新机制，只要是对国民经济运行“无害”的品种，就应该允许其上市，从“事前监管”向“事后监管”过渡。
另外，农产品期货合约是一个不断发展、探索和完善的过程，而且失败的可能性比较大，一旦正式推出的合约失败，付出的成本相对比较大。芝加哥商业交易所（CME）每年上市四五个新品种合约，80％是失败的。目前，期货交易成交量中有97％的合约是近20年开发的，只有3％的合约是20年前的老产品。所以，我国有必要建立农产品期货品种的试运行机制，以降低合约上市的成本。